Sonic y Tails descubren que todos sus amigos han desaparecido misteriosamente. Pronto averiguan que han sido secuestrados y llevados al laboratorio del malvado doctor Ivo Robotnik. Para rescatarlos, Sonic deberá enfrentarse a trampas, laberintos y peligrosas criaturas creadas por el villano más temido de Mobius.